Unsere Kirche ist nach dem Evangelisten Johannes benannt. Die Inschrift am Giebel aus dem Johannes-Evangelium, Kapitel 4 Vers 24 lautet:
„Gott ist Geist, und die ihn anbeten, die müssen ihn im Geist und in der Wahrheit anbeten.“
Um 1900 ist Schlachtensee als moderne Vorortsiedlung des wohlhabenden Bürgertums der aufstrebenden Reichshauptstadt entstanden, nachdem die Wannseebahn gebaut und damit die Verbindung nach Berlin hergestellt war. 1909 begann Baurat Büttner mit den Planungen zum Bau einer evangelischen Kirche. Sie sollte 250 Sitzplätze haben. Der Kostenvoranschlag belief sich auf 80.000 Mark. Die Gemeinde folgte den zur damaligen Zeit modernsten Bestrebungen im evangelischem Kirchenbau: Kirche, Gemeindehaus und Pfarrhaus gruppieren sich um den Turm als sichtbaren Mittelpunkt des Gemeindezentrums. Am 22. September 1912 wurde das „Gemeindezentrum St. Johannes" mit einem großen Fest eingeweiht.
Gegen Ende des 2. Weltkriegs wurden Dach und Fenster der Kirche zerstört. Eindringende Feuchtigkeit zogen in den folgenden Jahren Orgel, Innenausstattung und Bemalung stark in Mitleidenschaft. Wegen der kargen Mittel konnten die Schäden nur langsam behoben werden.
1957 gestaltete Architekt Günter Behrmann den Innenraum der Kirche neu. Entsprechend dem veränderten ästhetischen Empfinden wurden die historisierenden Elemente aus der Entstehungszeit ersetzt durch klare Formen und Flächen. Im Kontrast zu dem schlichten Äußeren schuf der Künstler O.E. Köpke aus Düsseldorf, die ausdrucksstarken Glasfenster.
Zwischen 1998 und 2000 ist die Kirche wiederum von Grund auf saniert worden. Dabei wurden im Außenbereich Schmuck- und Gestaltungselemente restauriert und in ihren ursprünglichen Farbfassungen wieder hergestellt. Im Innenraum wurden Mahnmal und Turm durch Glastüren abgetrennt; der Vorraum mit dem Mahnmal wurde dadurch zu einer eigenständigen Kapelle. Anstatt der Bänke gibt es nun Stühle. Kanzel und Altar wurden erneuert. Sie sind besonders zurücknehmend in ihrer Ansicht und können leicht umgebaut werden. Schließlich wurde der alte Zwischenbau des Gemeindehauses abgerissen und durch eine moderne Glasarchitektur nach den Plänen des Architekten Wolfgang Rudorf ersetzt.
In unmittelbarer Nachbarschaft zur Kirche befinden sich nun alle Gemeinderäume. So konzentriert sich das Gemeindeleben heute im neuen „Gemeindezentrum Johanneskirche“ um die Kirche herum, so wie es schon um die Jahrhundertwende unter den damaligen Verhältnissen von den Erbauern geplant war.